口座振替サービスの料金体系は主に以下３つです。
◯初期費用・・導入時にかかる費用
◯月額費用・・毎月固定でかかるサービス利用料
◯口座振替手数料・・口座数に応じてかかる従量制の手数料

注意点としては、事業規模や取引件数によって料金が変動する場合や、担当者に問い合わせないと詳細料金がわからない場合が多いため、実際の運用費を把握すためには時間がかかる場合があります。料金が変動するか否か、WEBページ上で必要な料金が全て公開されているのかを事前に把握しておく必要があります。

事業内容によって必要な決済手段や機能が変わってきます。
口座振替だけでなく、クレジットカードでの決済も必要なのか、また、顧客への請求書の通知といったオプション機能が必要なのか、といった事前の検討が重要です。
決済手段やオプション機能が豊富なサービスはそれだけ毎月のコストが高くなるので、必要な決済手段・機能を把握し、不要なオプションなどを含まないサービスを探すことが重要です。

請求業務は毎月発生するので、導入したサービスが使いやすいものか、運営スタイルにあっているのかを事前に見極めることが重要です。
機能やオプションが豊富であるほど、新たに覚えることや、必要な操作が増えます。
請求業務の自動化はできたが、月末月初に登録作業に追われてしまう。なんてことのないように、よりシンプルで必要最低限の機能に抑えることが重要です。